1976～1981年：国务院的工作部门达到100个
1976年，“四人帮”被粉碎后，鉴于当时经济上已处于崩溃，故沿用并发展了五十年代后期的管理体制和机构设置。到1981年，国务院的工作部门增加到100个，达到建国以来的最高峰。
1982年：提高政府工作效率，实行干部年轻化
党的十一届三中全会以后，中国进入了一个新的发展时期，开始了经济体制改革，对外开放。与此相适应，从1982年开始，首先从国务院做起，自上而下地展开各级机构改革，这次改革历时3年之久，范围包括各级党政机关，是建国以来规模较大、目的性较强的一次建设和完善各级机关的改革。这次改革不仅以精兵简政为原则，而且注意到了经济体制改革的进一步发展可能对政府机构设置提出的新要求，力求使机构调整为经济体制改革的深化提供有利条件，较大幅度地撤并了经济管理部门，并将其中一些条件成熟的单位改革成了经济组织。
1981年，国务院的工作部门有100个，达到建国以来的最高峰。臃肿的管理机构已不能适应改革开放和经济社会发展的需要，亟待改革。在1981年12月五届全国人大四次会议的政府工作报告中，国务院决定，从国务院各部门首先做起进行机构改革，限期完成。1982年3月8日，五届全国人大常委会第22次会议通过了全国人大常委会关于国务院机构改革问题的决议。根据国务院部署，第一批先行一步的有12个单位：电力工业部、水利部、商业部、全国供销合作总社、粮食部、国家进出口管理委员会、对外贸易部、对外经济联络部、国家外国投资管理委员会、化学工业部、煤炭工业部和纺织工业部。以后，其他部门陆续确定了方案，付诸实施。 这次改革，在领导班子方面，明确规定了各级各部的职数、年龄和文化结构，减少了副职，提高了素质；在精简机构方面，国务院各部委、直属机构、办事机构从100个减为61个；省、自治区政府工作部门从50—60个减为30—40个；直辖市政府机构稍多于省政府工作部门；城市政府机构从50—60个减为45个左右；行署办事机构从40个左右减为30个左右，县政府部门从40多个减为25个左右；在人员编制方面，国务院各部门从原来的5.1万人减为3万人；省、自治区、直辖市党政机关人员从18万人减为12万余人。市县机关工作人员约减20%；地区机关精简幅度更大一些。改革之后，国务院各部委正副职是一正二副或者一正四副，领导班子平均年龄也有所下降，部委平均年龄由64岁降到60岁，局级平均年龄由58岁降到54岁。
这次改革历时三年，是建国以来规模较大、目的性较强的一次建设和完善行政体制的努力。通过精简各级领导班子和废除领导职务终身制，加快了干部队伍的年轻化，是一个很大的突破。但是，由于当时经济体制改革的重点在农村，对于行政管理没有提出全面变革的要求，所以政府机构和人员都没有真正减下来。这次改革是一次有益的探索，加快了干部队伍的年轻化，但没有触动高度集中的计划经济管理体制，没有实现政府职能的转变。 1982年的政府机构改革，其历史性进步可用三句话来概括：一是开始废除领导干部职务终身制；二是精简了各级领导班子；三是加快了干部队伍年轻化建设步伐。
1988年：“转变政府职能是机构改革的关键”
在1982年机构改革后，由于没有触动高度集中的计划经济管理体制，没有实现政府职能的转变等原因，政府机构不久又呈膨胀趋势。因此国务院决定再次进行机构改革。 国务院机构改革方案于1988年初制定，同年4月，七届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案。
这是一次弱化专业经济部门分钱、分物、直接干预企业经营活动的职能，以达到增强政府宏观调控能力和转向行业管理目的的改革。此次改革是在推动政治体制改革，深化经济体制改革的大背景下出现的，其历史性的贡献是首次提出了“转变政府职能是机构改革的关键”这一命题。政府的经济管理部门要从直接管理为主转变为间接管理为主，强化宏观管理职能，淡化微观管理职能。其内容主要是合理配置职能，科学划分职责分工，调整机构设置，转变职能，改变工作方式，提高行政效率，完善运行机制，加速行政立法。改革的重点是那些与经济体制改革关系密切的经济管理部门。改革采取了自上而下，先中央政府后地方政府，分步实施的方式进行。由于后来一系列复杂的政治经济原因，这一命题在实践中没有及时“破题”；再加上治理、整顿工作的需要，原定于1989年开展的地方机构改革暂缓进行。
通过改革，国务院部委由原有的45个减为41个（包括：外交部、国防部、国家计划委员会、国家经济体制改革委员会、国家教育委员会、国家科学技术委员会、国防科学技术工业委员会、国家民族事务委员会、公安部、国家安全部、监察部、民政部、司法部、财政部、人事部、劳动部、地质矿产部、建设部、能源部、铁道部、交通部、机械电子工业部、航空航天工业部、冶金工业部、化学工业部、轻工业部、纺织工业部、邮电部、水利部、农业部、林业部、商业部、对外经济贸易部、物资部、文化部、广播电影电视部、卫生部、国家体育运动委员会、国家计划生育委员会、中国人民银行、审计署）。直属机构从22个减为19个，非常设机构从75个减到44个，部委内司局机构减少20%。在国务院66个部、委、局中，有32个部门共减少1.5万多人，有30个部门共增加5300人，增减相抵，机构改革后的国务院人员编制比原来减少了9700人。但是，由于经济过热，这次精简的机构很快又膨胀起来了 。
1993年：适应建设社会主义市场经济的需要
这次机构改革是在确立社会主义市场经济体制的背景下进行的，它的核心任务是在推进经济体制改革、建立市场经济的同时，建立起有中国特色的、适应社会主义市场经济体制的行政管理体制。这次改革的指导思想是，适应建立社会主义市场经济体制的要求，按照政企职责分开和精简、统一、效能的原则，转变职能，理顺关系，精兵简政，提高效率。改革的重点是转变政府职能。
这次机构改革的历史性贡献在于：首次提出政府机构改革的目的是适应建设社会主义市场经济体制的需要。但从学术观察的角度，1993年的政府机构改革“目的清楚、目标不明确”。建立社会主义市场经济体制的一个重要改革任务就是要减少、压缩甚至撤销工业专业经济部门，但从1993年机构设置来看，这类部门合并、撤销的少，保留、增加的多。
1993年3月22日，第八届全国人大一次会议审议通过了《关于国务院机构改革方案的决定》。根据这一方案改革后，国务院组成部门设置41个（包括：国务院办公厅、外交部、国防部、国家计划委员会、国家经济贸易委员会、国家经济体制改革委员会、国家教育委员会、国家科学技术委员会、国防科学技术工业委员会、国家民族事务委员会、公安部、国家安全部、监察部、民政部、司法部、财政部、人事部、劳动部、地质矿产部、建设部、电力工业部、煤炭工业部、机械工业部、电子工业部、冶金工业部、化学工业部、铁道部、交通部、邮电部、水利部、农业部、林业部、国内贸易部、对外贸易经济合作部、文化部、广播电影电视部、卫生部、国家体育运动委员会、国家计划生育委员会、中国人民银行、审计署），加上直属机构、办事机构18个，共59个，比原有的86个减少27个，人员减少20%。1993年4月19日，国务院决定，将国务院的直属机构由19个调整为13个（包括：国家统计局、国家税务总局、国家工商行政管理局、国家环境保护局、国家土地管理局、新闻出版署（国家版权局）、海关总署、国家旅游局、民用航空总局、国务院法制局、国务院宗教事务局、国务院参事室、国务院机关事务管理局）。办事机构由9个调整为5个（包括：国务院外事办公室、国务院侨务办公室、国务院港澳事务办公室、国务院特区办公室、国务院研究室）。国务院不再设置部委归口管理的国家局，国务院直属事业单位调整为8个（包括：中国轻工总会、中国纺织总会、新华通讯社、中国科学院、中国社会科学院、国务院发展研究中心、中国气象局、中国专利局和国家行政学院）。此外，国务院还设置了国务院台湾事务办公室与国务院新闻办公室。
1998年：消除政企不分的组织基础
1998年3月10日，九届全国人大一次会议审议通过了《关于国务院机构改革方案的决定》。 改革的目标是：建立办事高效、运转协调、行为规范的政府行政管理体系，完善国家公务员制度，建设高素质的专业化行政管理队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的政府行政管理体制。 改革的原则是：按照社会主义市场经济的要求，转变政府职能，实现政企分开；按照精简、统一、效能的原则，调整政府组织结构，实行精兵简政；按照权责一致的原则，调整政府部门的职责权限，明确划分部门之间职责分工，完善行政运行机制；按照依法治国、依法行政的要求，加强行政体系的法制建设。
1998年改革的目的与目标高度协调。推进社会主义市场经济发展是目的，尽快结束专业经济部门直接管理企业的体制是目标。 1998年改革历史性的进步是，政府职能转变有了重大进展，其突出体现是撤销了几乎所有的工业专业经济部门，共10个：电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、地质矿产部、林业部、中国轻工业总会、中国纺织总会。这样，政企不分的组织基础在很大程度上得以消除。在一定意义上说，撤销工业专业经济部门就是取消了国家与企业之间的“二道贩子”，消除了政企不分的组织堡垒。根据改革方案，国务院不再保留的有15个部、委。包括：电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、国内贸易部、邮电部、劳动部、广播电影电视部、地质矿产部、林业部、国家体育运动委员会、国防科学技术工业委员会（组建新的国防科学技术工业委员会，将原国防科工委管理国防工业的职能、国家计委国防司的职能以及各军工总公司承担的政府职能，统归新组建的国防科学技术工业委员会管理）、国家经济体制改革委员会（为了加强国务院对经济体制改革工作的领导，国家经济体制改革委员会改为国务院高层次的议事机构，总理兼主任，有关部长任成员，不再列入国务院组成部门序列）。 新组建的有4个部、委：国防科学技术工业委员会、信息产业部、劳动和社会保障部、国土资源部。 更名的有3个部、委：国家计划委员会更名为国家发展计划委员会；科学技术委员会更名为科学技术部；国家教育委员会更名为教育部。 改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门由原有的40个减少到29个。包括国家政务部门12个：外交部、国防部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、国家民族事务委员会、民政部、司法部、公安部、国家安全部、监察部、审计署；宏观调控部门４个：国家发展计划委员会、国家经济贸易委员会、财政部、中国人民银行；专业经济管理部门8个：建设部、铁道部、交通部、信息产业部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、国防科学技术工业委员会；教育科技文化、社会保障和资源管理部门5个：教育部、科学技术部、人事部、劳动和社会保障部、国土资源部。
从1998年开始，国务院机构改革首先进行，随后党中央各部门和其它国家机关及群众团体的机构改革陆续展开；1999年以后，省级政府和党委的机构改革分别展开；2000年，市县乡机构改革全面启动。截至2002年6月，经过四年半的机构改革，全国各级党政群机关共精简行政编制115万名。
2003年：行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效
2003年的政府机构改革，是在加入世贸组织的大背景之下进行的。3月6日，国务院机构改革方案提请十届全国人大一次会议审议，启动了改革开放以来的第五次大规模的机构改革。3月10日，十届全国人大一次会议第三次全体会议通过了关于国务院机构改革方案的决定。 改革的目的是：进一步转变政府职能，改进管理方式，推进电子政务，提高行政效率，降低行政成本。改革目标是，逐步形成行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制。改革的重点是，深化国有资产管理体制改革，完善宏观调控体系，健全金融监管体制，继续推进流通体制改革，加强食品安全和安全生产监管体制建设。这次改革重大的历史进步，在于抓住当时社会经济发展阶段的突出问题，进一步转变政府职能。比如，建立国资委，深化国有资产管理体制改革；建立银监会，建立监管体制；组建商务部，推进流通体制改革；组建国家食品药品监督管理局，调整国家安全生产监督管理局为国家直属机构，加强食品药品安全与安全生产监管。
2008年机构改革：国务院组成部门调整至27个
根据党的十七大和十七届二中全会精神，这次国务院机构改革的主要任务是，围绕转变政府职能和理顺部门职责关系，探索实行职能有机统一的大部门体制，合理配置宏观调控部门职能，加强能源环境管理机构，整合完善工业和信息化、交通运输行业管理体制，以改善民生为重点加强与整合社会管理和公共服务部门。改革的目标是：
（一）合理配置宏观调控部门职能。国家发展和改革委员会要进一步转变职能，减少微观管理事务和具体审批事项，集中精力抓好宏观调控。财政部要改革完善预算和税政管理，健全中央和地方财力与事权相匹配的体制，完善公共财政体系。中国人民银行要进一步健全货币政策体系，加强与金融监管部门的统筹协调，维护国家金融安全。国家发展和改革委员会、财政部、中国人民银行等部门要建立健全协调机制，形成更加完善的宏观调控体系。
（二）加强能源管理机构。设立高层次议事协调机构国家能源委员会。组建国家能源局，由国家发展和改革委员会管理。将国家发展和改革委员会的能源行业管理有关职责及机构，与国家能源领导小组办公室的职责、国防科学技术工业委员会的核电管理职责进行整合，划入该局。国家能源委员会办公室的工作由国家能源局承担。不再保留国家能源领导小组及其办事机构。
（三）组建工业和信息化部。将国家发展和改革委员会的工业行业管理有关职责，国防科学技术工业委员会核电管理以外的职责，信息产业部和国务院信息化工作办公室的职责，整合划入工业和信息化部。组建国家国防科技工业局，由工业和信息化部管理。国家烟草专卖局改由工业和信息化部管理。不再保留国防科学技术工业委员会、信息产业部、国务院信息化工作办公室。
（四）组建交通运输部。将交通部、中国民用航空总局的职责，建设部的指导城市客运职责，整合划入交通运输部。组建国家民用航空局，由交通运输部管理。国家邮政局改由交通运输部管理。保留铁道部，继续推进改革。不再保留交通部、中国民用航空总局。
（五）组建人力资源和社会保障部。将人事部、劳动和社会保障部的职责整合划入人力资源和社会保障部。组建国家公务员局，由人力资源和社会保障部管理。不再保留人事部、劳动和社会保障部。
（六）组建环境保护部。不再保留国家环境保护总局。
（七）组建住房和城乡建设部。不再保留建设部。
（八）国家食品药品监督管理局改由卫生部管理。明确卫生部承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。